发射“神舟”飞船的长征二号Ｆ火箭是一种两级火箭，起飞重量479.7吨，是我国最高、系统最复杂的运载火箭，它能把8吨重的载荷送入200千米～350千米高的轨道，其可靠性从以往不载人火箭的91％提高到了97％，安全性达到了99.7％，可与世界上著名的载人运载火箭相媲美。
长征二号Ｆ火箭的可靠性在前5次的“神舟”飞船发射中，得到了充分的体现。发射“
神六”的火箭，与发射“神舟”五号的火箭是同一批生产出来的定型产品，技术指标和飞行状态都没有改变。但是，在“神舟”五号发射成功后，火箭技术人员精益求精、追求完美，为进一步提高火箭的可靠性，它们给火箭增加了“吉祥三宝”。
一是新型蓄压器保证舒适度。发射“神舟”五号时，当火箭起飞后110秒间，杨利伟曾经感到有十几秒剧烈的振动。经过分析，设计人员发现，此时火箭发动机的振动频率与箭体结构振动频率恰巧耦合，因而产生了振动放大的现象，也就是“共振”现象。为了保证航天员舒适升空，火箭研制者查找到了共振源，新研制了一台蓄压器，错开了振动频率，彻底解决了问题。神六航天员升空时的舒适度相当于从大卡车进入了小轿车。
二是摄像机随时监控险情。从“神舟”一号至“神舟”五号的发射，地面指挥控制系统都是依靠遥测数据来了解火箭助推器的分离、整流罩的分离以及箭船分离的状况，没有直观的画面。这次火箭研制者决定在火箭上安装2台摄像机，一台在二级火箭的外壁上，通过它地面即可以随时监视火箭外部的“敌情”，也可以直接看到火箭助推器的分离和一二级火箭的分离。另一台安在整流罩里面，这位“摄像记者”能够忠实地报告整流罩分离和箭船分离的情况，一旦发生意外，地面指挥人员可随时采取应急措施。这样，“神舟”六号的发射成功就有了更加充分的保证。
三是保险锁防止“误逃”。火箭顶部有一个像避雷针模样的东西，叫做逃逸塔，万一出现意外情况，它负责让航天员脱离危险区逃逸到安全地带。为了避免这个系统的误动作，除了已有的电气安全措施外，火箭研制者又为它加了几个“小盒子”，它是一套物理隔离的机械挡板，相当于为逃逸系统加了一把安全可靠的保险锁。有了它，可以杜绝不该发生的“误逃”事故。
