所谓的太空厕所，其实并不是一个屋子，而是一个“如厕”装置。这和我们平常家里用的马桶有很大的区别。“神六厕所”是由两个和身体接触的小口容器，一根长管子，以及一个尿液收集容器、一个垃圾桶和一个抽风装置组成。
太空“厕所”不分男女，坐便器上有个漏斗，专供男航天员小便用，女航天员使用时可启动前端的尿收集器，尿通过一根管子被抽于容器中处理；大便时要将屁股紧贴在坐便器
上，腰上系上固定带，双手抓住便座边的把手。粪便由气流抽入一个袋中，水分和臭气通过过滤网进入容器中处理，然后通过有负压的特殊装置把大小便收集起来。幸好，神舟六号上没有女航天员，上厕所连门帘也不用拉。在五天的时间里，两名航天员可以交替休息。
由于太空中飞船会处于失重状态，飞船中任何没有密闭的东西都有可能四处漂浮。因此，航天员在使用“厕所”前，要首先打开位于整套装置最末端的抽风机，这样，整个装置都保持向内抽风的状态，排泄物一旦和人体分离，会立即向下运动。排泄物就不会因为失重，而散落到装置以外。
由于飞船的载重有限，因此，里面所有的东西都是越轻越好。据悉，整套装置不少部位都是用塑料制成，因此重量都很轻，而且体积较小，平常不用的时候就可以放在舱内的角落里。在航天员在训练中也有如何使用厕所的一项。据了解，对于他们来说，整套如厕装置比较简单，使用起来并不费力。
