神舟飞船航天员座椅下方的一个位置，安装着一个橘红色的小匣子，这个被称为应急数据记录器的小东西就是所谓的“黑匣子”。飞船系统数据管理分系统主任设计师王九龙介绍说，神舟六号的“黑匣子”体积更小，性能更高。
“黑匣子”采用了特殊的装甲防护，能够在1000摄氏度高温中烧半个小时，或在海水中浸泡一个月而无恙；可以抵抗一万个g(重力加速度)的冲击，科技人员曾把它放在炮弹中
打出去，打到铁板上瞬时产生15000个g的冲击量也没能让它损坏。
神舟一号到五号使用的“黑匣子”研制于1994年，限于当时的信息技术发展水平，以及飞船的实际需求，存储量只有10兆字节。神舟六号上的“黑匣子”利用最新的信息技术，使存储量提高了100倍，数据写入和读出的速度提高10倍以上。
由于存储部件体积减小，用于保护它的特殊装甲也成几何基数地缩小。目前“黑匣子”的长、宽、高分别为17厘米、10厘米、20厘米，相当于摞在一起的五、六本书，比原来缩小了一半以上。同时，在三个区域放置三个互为备份的存储器。
“黑匣子”主要用于记录飞船飞行的重要数据，例如：舱内气压、温度、湿度，飞船姿态，各种设备工作状态，航天员在仪表上的操作等。飞船上的所有数据，进行分类变换等处理后，形成三类数据，第一类由仪表显示，第二类由发射机发回地面，第三类就分给“黑匣子”。
飞船工作期间，只能往“黑匣子”里写入数据而不能读取，待飞船返回地面后，工作人员会使用专门的设备读取，并提供给相关技术部门进行分析。
如果飞机没发生故障，飞机上的“黑匣子”基本就处于“浪费”状态。神舟飞船上“黑匣子”则有所不同。它不仅用于飞船故障时记录数据，在飞船正常飞行特别是返回阶段时也发挥重要作用。
飞船返回时与大气摩擦产生的等离子体会使飞船有一段时间处于“黑障”状态，这个时段的飞行数据只能通过“黑匣子”记录。飞船回收过程中很难测控，如反推火箭是否正常点火等，这就需要“黑匣子”记录。
从神舟一号发射成功之后就一直担任数据管理分系统主任设计师的王九龙说，当飞船成功着陆后，其他科技人员可以去庆祝了，我们则要去分析处理“黑匣子”里的数据。
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