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神舟飞船航天员座椅下方的一个位置，安装着一个橘红色的小匣子，这个被称为应急数据记录器的小东西就是所谓的“黑匣子”。飞船系统数据管理分系统主任设计师王九龙
介绍说，神舟六号的“黑匣子”体积更小，性能更高。
“黑匣子”采用了特殊的装甲防护，能够在1000摄氏度高温中烧半个小时，或在海水中浸泡一个月而无恙；可以抵抗一万个g（重力加速度）的冲击，科技人员曾把它放在炮弹中打出去，打到铁板上瞬时产生15000个g的冲击量也没能让它损坏。“黑匣子”主要用于记录飞船飞行的重要数据，例如：舱内气压、温度、湿度，飞船姿态，各种设备工作状态，航天员在仪表上的操作等。飞船上的所有数据，进行分类变换等处理后，形成三类数据，第一类由仪表显示，第二类由发射机发回地面，第三类就分给“黑匣子”。
如果飞机没发生故障，飞机上的“黑匣子”基本就处于“浪费”状态。神舟飞船上“黑匣子”则有所不同。它不仅用于飞船故障时记录数据，在飞船正常飞行特别是返回阶段时也发挥重要作用。
飞船返回时与大气摩擦产生的等离子体会使飞船有一段时间处于“黑障”状态，这个时段的飞行数据只能通过“黑匣子”记录。飞船回收过程中很难测控，如反推火箭是否正常点火等，这就需要“黑匣子”记录。
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