空间应用系统在执行神舟飞船第七次飞行试验任务期间成立了应用系统任务指挥部，在载人航天工程总指挥部的统一领导下开展工作。空间应用系统任务指挥部下设指挥部办公室和总体技术组，组建三个试验队，分别在总装备部和基地为主的发射场、北京任务指挥部（所）领导下开展工作。

　　发射场试验队：完成发射场有效载荷测试，射前状态的设置、检查和确认，以及其他相关发射准备工作。空间应用系统发射场试验队最多时60人，参加任务的总人数约100余人。

　　北京试验队：按飞控计划完成有效载荷在轨期间的地面支持任务，包括飞行试验数据接收、监控管理和数据预处理。参加在北京航天指挥控制中心的第七次飞行试验飞控组的工作和在北京航天指挥控制中心有效载荷监控岗位的任务。北京试验队岗位人员30余人。

　　空间试验的固体润滑材料试验样品，随航天员返回。空间应用系统派专人在回收场接收样品：接收岗位人员2人。