该协议自双方签署之日起40日内生效。协议于11月4日签署，一式四份，双方各执两份。

　　《协议》附件中详细列明海峡两岸直航船舶、港口安排：一、两岸资本并在香港登记的船舶比照直航船舶从事两岸间海上直接运输，在进出两岸港口期间，其船舶识别方式比照《台港海运商谈纪要》有关香港船舶的规定。二、目前已经从事境外航运中心(两岸试点直航)运输、两岸三地货柜(集装箱)班轮运输、砂石运输的两岸资本权宜船，经特别许可，可按照本协议有关船舶识别等规定，从事两岸间海上直接运输。

　　附件列明了双方现阶段相互开放的港口：

　　台湾方面为11个港口，包括：基隆(含台北)、高雄(含安平)、台中、花莲、麦寮、布袋(先采项目方式办理)等六个港口，以及金门料罗、水头、马祖福澳、白沙、澎湖马公等五个“小三通”港口。

　　大陆方面为63个港口，包括：丹东、大连、营口、唐山、锦州、秦皇岛、天津、黄骅、威海、烟台、龙口、岚山、日照、青岛、连云港、大丰、上海、宁波、舟山、台州、嘉兴、温州、福州、松下、宁德、泉州、萧厝、秀屿、漳州、厦门、汕头、潮州、惠州、蛇口、盐田、赤湾、妈湾、虎门、广州、珠海、茂名、湛江、北海、防城、钦州、海口、三亚、洋浦等四十八个海港，以及太仓、南通、张家港、江阴、扬州、常熟、常州、泰州、镇江、南京、芜湖、马鞍山、九江、武汉、城陵矶等十五个河港。

　　附件并指出，双方同意视情增加开放港口。

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