日本帝国主义侵占东北，民族危亡迫在眉睫。1935年，交大同学声援一二九救亡运动，驾火车进南京请愿，要求当局接受全国人民的抗日要求。1936年，全校师生发起援绥运动，节食捐款支援前线抗日将士。
1937年芦沟桥事变后，交大人在抗日战争中与日本帝国主义进行了各种形式的顽强斗争。1937年8月，本校划归教育部管辖，改名国立交通大学，将原电机工程学院、机械工程
学院、土木工程学院降格为三个系。原科学院改为理学院，管理学院则停办。11月，日军占领上海，徐家汇校舍为日寇强占，本校迁入法国租界，借震旦大学与中华学艺社部分房屋，继续办学。
1939年，重庆校友致函请母校内迁。1940年，教育部批准设立交大重庆分校(渝校)，暂庆小龙坎无线电制造厂部分房屋办学，同时在九龙坡建立校舍。建电机与机械二系，以校友徐名材(伯隽)先生为分校主任。1941年，改由吴保丰(嘉谷)先生任重庆分校主任。同年十二月，太平洋战争爆发，日寇占领上海租界，不久沪校强被汪伪政权接收，在法国租界坚持办学的大部分师生纷纷内迁渝校。1942年，教育部令渝校为国立交通大学本部，任命吴保丰为代理校长，设土木、电机、机械、航空、管理五系，九龙坡校舍建成。1943年，渝校增设造船、运输管理、财务管理、工业管理四系及轮船、驾驶两专科，筹建工科(电信)研究所。1944年，工科研究所首次招收研究生10名。1945年，渝校在校学生已达1340人，添办电信管理系与电信专科，而轮机与航海两个专修科改为系(四年制)。
抗日战争胜利后，自1945年9月下旬起，本校开始陆续分期分批复员到上海。1946年5月复员工作胜利完成，渝校1240余名学生回到上海，沪校800余名学生亦全部集中，共同汇合于徐家汇交大校园。渝校(重庆本部)之历史宣告结束，恢复校名为国立交通大学，重建工学院(下设土木工程系、机械工程系、电机工程系、航空工程系、造船工程系、工业管理系、电信专修科、轮机专修科、航海专修科以及化学工程系、水利工程系、纺织工程系)、理学院(下设数理化三系)、管理学院(下设运输管理系、财务管理系、电信管理系、航业管理系)三院体制。12月，教育部下令停办轮机、航海两科，引起全校师生愤慨，自发成立护校委员会。1947年5月，二千八百余学生自驾火车自修铁路，赴南京请愿，获得胜利，将轮机、航海两科扩大为轮机工程系与航海管理系。1948年，增设电信管理与电信技术两个专修科。
从学校复员至解放前夕，国民党反动政府加紧内战，陷人民于水深火热之中，激化了国内矛盾。交大学生蔑视疯狂镇压，先后参加与发起了抗议驻华美军暴行运动、挽救教育危机运动、“反饥饿、反内战、反压迫”运动、抗议九龙暴行运动、反对美国扶持日本军国主义运动、反对学校驻扎国民党军队运动等政治斗争。学校校长也数易其人，吴宝丰辞职后，程孝刚(叔时)、黎照寰(未到任)、王之卓等先生先后任交大校长。1949年初，人民解放战争节节胜利，国民党反动政府日薄西山。4月，学生自治会号召全校同学行动起来，组织了一支有1000多同学参加的地下人民保安队，师生一道巡逻护校，穆汉祥、史霄雯同学为人民的解放事业献出了年轻的生命。5月25日清晨，解放军完全解放上海。6月15日，上海市军管会任命唐守愚为军代表接管交大，组成以吴有训、陈石英先生为正副主任的十九人校务委员会，交通大学从此迎来了一个新纪元。
在解放前长达五十四年的时间里，交大为中国历史舞台不仅培养了像邹恩润(韬奋)、蔡锷(艮寅、松坡)、陆定一、黄炎培、邵力子、江泽民、丁关根等一批卓越的政治家、军事家、思想家，以及培养了诸如过探先、钱学森、吴文俊、张光斗、王安等一批著名的科学家、企业家，而且也磨练出像唐文治、蔡元培、叶恭绰、黎照寰、吴宝丰、凌鸿勋等一批教育家，师资队伍则凝聚了国内堪称一流的众多学者与专家。不言而喻，交通大学前期(1896—1949)发展史，在中国近代高等教育发展进程中有着十分重要的地位。可以说，不管谁研究中国近代高等教育发展史，都不能无视交通大学前期举办高等教育取得的辉煌成绩。
