论战中方舟子显露出的逼人气势让刘华杰记忆深刻，“你见到他本人感觉一点也不强势，但是文章则锋芒毕露。为了真理完全不顾朋友。我说他不了解社会，一直生活在网络上。因为虚拟世界不需要朋友。方不在现实中生活，常常一个人，像匿名发帖一样，觉得有没有朋友无所谓，方舟子应该是网络的牺牲品！比如咱们是朋友，不能因为科学问题不要朋友了。但是方舟子能够为了科学不要朋友。 ”

　　而柴静则认为，“方先生行文说话的风格有争议，但作为一个记者，我认同他‘对真相要有洁癖’的说法，真相不能附加任何前提，不能强制要求真相长着一张慈眉善目的脸，那样的结果很可能是普遍虚伪的产生。”

　　“方舟子优点和缺点同样突出。方舟子的优点就是他的缺点，如果都去掉就没他的特点了。”陶世龙说。

　　由学术分歧到个人恩怨，方舟子没能归属于任何一个小圈子。他像无法找到大部队的堂吉诃德，孤身挑战一个又一个风车。方多次表示，自己不适合按部就班的生活。网络写作、打假、自由支配时间的这种工作方式最适合自己。

　　得罪众人的打假

　　方舟子自己最难忘的一次打假，是2001年上半年揭露核酸营养品骗局的案例。这是他扬名立万的处子秀。

　　他曾说：“当时刚刚开始打击学术腐败，涉及的案例还不多；这个案例牵涉到了众多生物化学界的人士，一个学过生物化学的人都知道是骗局的东西，竟然有那么多中国的生物化学家在为之捧场、狡辩，令我这个学生物化学出身的人感到震惊。”这个案例涉及了广大消费者的利益，也引起了南方周末等媒体的监督报道，各媒体的报道持续了近半年时间，后来连卫生部、国家工商总局都出来发了通知，影响比较大。方舟子回忆：“美国《科学》杂志因为这个事件专文报道了我在网上打击学术造假的事迹。很少有中国人有过这种殊荣。”

　　新语丝几乎称得上中国最大的学术打假举报平台。一位匿名人士称，“为什么大家都去新语丝举报，因为我们国家正常举报没有用。比如举报领导学术腐败，基本是白费。所以人们匿名到方舟子那里举报，这样是最痛快的途径。换句话说，是体制问题造就了方舟子，出现这样的人，是因为整个社会纠错机制出了问题。”

　　方舟子至少成功开辟了两条打假路径。一是科研机构的学术腐败。这是方舟子的长项，他熟知科研规则，从基因皇后，到论文造假，几乎弹无虚发。而另一条战线则集中揭露伪科学、中医、风水，方舟子遭遇了来自民间的强大阻力。

　　中国科学院自然科学史研究所的研究员宋正海，曾经写过《令人深思的“蒋春暄现象”》，推介航天工业总公司二院的蒋春暄高级工程师，称其数论成果堪比诺贝尔奖。方舟子公开批评蒋春暄没有发表权威论文，没有得到学界认可，不符科学规则，至多归为“民间科学家”之列。宋正海指责方舟子滥用了科学概念，动不动就把民间研究、中医斥为伪科学。对中国的自主创新科研打击很大，他说，“其目的是消灭中国传统文化”。

　　中国气象科学院研究员任振球认为地震可以临报，方舟子斥为伪科学。双方多次公开辩论。任振球对方舟子耿耿于怀，“我怎么评价方舟子？他是汉奸，最大的汉奸。他拿西方人的钱来反对中国的自主创新。”

　　2005年之后，关于“伪科学”的争论越演越烈。2006年底，宋正海等人联名给中央写信，要求从科普法中剔除“伪科学”，并和方舟子多次在公开场合辩论。

　　记者参与过凤凰卫视“一虎一席谈”在2007年初主办的一场电视辩论，方舟子参加了第一场辩论。双方几乎发生了肢体冲突，现场充满火药味。反方的一位老先生气得浑身发抖，中途退场。剧组甚至请来了医疗救护队以防不测。

　　宋正海说，“为什么这么多人对方舟子不满甚至憎恨？因为很多人一辈子的研究成果，被方舟子用‘伪科学’一棍子就给打死了。”

　　宋正海等人一度怀疑方舟子受到了来自美国敌对势力的资助，曾经去查，但是也没查出什么。

　　当时方舟子从美国回到国内结婚成家。最早主要靠写专栏和出书挣钱。2004年，方舟子开始在《北京科技报》开设“方舟子快评”，这个栏目后来还获得过北京市新闻奖优秀专栏奖，是当时方舟子在国内较早的科普专栏。但是他犀利的文风和不留情面的批评，也引起一些人的反感甚至不满。甚至有订户打电话到北京科技报社，抗议每周一篇的方舟子专栏，称如果不撤掉方舟子反中医反伪科学的言论，就拒绝继续订报。

　　这个阶段的方舟子毁誉参半。一方面针对打着高科技旗号的商业欺诈屡有斩获，另一方面，因传统之名的风水、中医爱好者又对方舟子颇有怨言，展开集体围攻。另一名老科普作家郭正谊还记得，实际上，当时方舟子已经面临人身攻击的威胁。“方舟子当时在新华书店发布新书，头天夜里，就有4个人摸到方舟子家门闹去了。”

　　关于伪科学的争论，陶世龙说，中医、风水，在中国民间有着强大的土壤。“(方)有些事不太策略，打击面大一些。有些事情不能急，要一步步来。中医的问题，100年来都没解决，现在一下子也不能解决。要留给时间去解决。方舟子花了很大力量批评中医，后来才渐渐少一些。我看他最近对中医的看法就好多了。其实你抓唐骏、李一，这些社会效果更好。但是你不能这么要求方舟子。他自己接触到看到什么就搞什么。如果都讲究策略就不叫方舟子了。”

　　那个说真话的孩子

　　“他就是一个喜欢说真话的人。”陶世龙说。也有人认为方舟子是一个在沉默的大多数里，像安徒生童话中那个说皇帝没有穿衣服的孩子。

　　北师大副教授田松学物理出身，在报社做过记者，“我接触过有权威的科学家剽窃、伪造数据、压制学生和同行的案例太多了，但是国内媒体对此完全失语。在2000年前后，方舟子利用新语丝，对中国的基本学术道德提出批评，把这些事捅出来，在当时起到了重要的积极作用。”但是，田松认为：“自从2005年以后，随着国内互联网的发展，个人博客的兴起，方舟子已经不是不可替代的了。并且，由于方舟子的打假存在理论和实践上的双重问题。他的打假对于制度建设没有帮助，打假与打人、公仇与私愤，在新语丝分不清；甚至对某些人无中生有。所以现在，方舟子的存在对于中国学术界来说，不仅毫无益处，而且有害。”

　　常在河边走，哪能不湿鞋。在越来越多的打假中，方舟子官司缠身。彭剑称，最多的时候“同时有几个案子开庭”。后来新语丝专门成立了一个基金。彭剑称，这笔钱主要用于支付因为打假败诉引发的赔偿。袭击事发后，律师正在考虑为方舟子出行配备保安，但方舟子并没有过多担心，“该怎么做还是怎么做”。

　　突如其来的袭击事件，多少改变了方舟子天马行空的生活，按计划，8月31日晚上，方舟子要到中关村出席一个IT界的活动并发表关于互联网的演说。到了下午，他临时决定取消：“这个时候去显然不太合适。”

　　为了打假，遭遇肉体袭击，还失去了自由活动的乐趣，尽管有心理准备，但是方舟子或许没想到会付出如是代价。

　　刘华杰说，其实方舟子凭自己的才能，可以生活得很好，至少可以在高校或者研究机构谋个职位，但是方选择了打假。他认为方舟子过得并不如意，连说， “可惜了。”刘说：“写稿能挣几个稿费？科普书在中国也不会是畅销书。中国传统社会是根本不讲科学的。所以你可以感觉到方舟子宣传科学，不是社会真正欢迎的东西。”

　　方舟子的生活很简单。开的是普通的丰田车，住的是二居室，物质上没什么很高的追求。他以前最希望拥有的奢侈品都是一些篇幅巨大或非常昂贵的书籍，包括《不列颠百科全书》、《牛津英语大词典》、《明实录》和二十四史，曾经在图书馆看到一直想有一套，但买不起也摆不下。

　　方舟子的作息习惯是下午睡觉，晚上工作。和“消灭中国传统文化”的指责相反，方舟子对传统的陈氏太极拳很有研究，几乎每天习练，身手还算敏捷，所以在此次袭击时得以侥幸脱身。

　　方舟子多次表示，自己其实不愿意打假，最大的愿望，是重新翻译一遍《进化论》。他说：“说实话，我有时候感到沮丧，因为在学术领域的打假，即使证据确凿，一旦涉及到体制内的打假，很多都不了了之。”而新语丝被屏蔽，只能通过镜像阅读，也被看作不被体制支持的例证。

　　但是已然欲罢不能。从最早打学术腐败，后期方舟子的打假范围扩大至公众人物，如唐骏、李一。方舟子开了微博(http://t.sina.com.cn)，和新语丝并肩作战，刀锋过处如切瓜剁菜。几乎每一次打假都给方舟子带来新的声望，但是危险也在悄然扩大和逼近。好心人也在提醒方，“战线拉得太长了”，但是方舟子的微博上的留言将他的个性展露无遗：没有兴趣听取关于为人处世的任何忠告。

　　有评论说，“方舟子所处的险地，也是说真话者的险地。我们的社会，左耳听着‘民无信不立’，右耳响着‘得饶人处且饶人’。”

　　当记者问：你觉得打假究竟能给你带来什么？他回答：给我带来了无数的敌人。沉吟片刻，又说，也给我带来了无数的朋友。

　　方舟子夫人在微博上说，“期待中国社会不再需要方舟子以一己之力抗拒群魔的那一天”。有网友说，这个理想很远，目前我们只能祝福方舟子面对谎言和谎言派来的杀手，下一次跑得更快。