香港特区行政长官曾荫权17日致函胡锦涛主席和温家宝总理，代表全港市民最热烈祝贺神舟六号载人航天飞船成功发射升空和胜利着陆。曾荫权在函中表示：“神舟六号遨游太空，不仅是我国综合实力的展现，更是中华民族勇气和信心的延伸。从这次神舟六号胜利返航，我们看到了祖国的美好前景。”曾荫权在致函中希望邀请费俊龙、聂海胜及参与神舟六号航天工程的主要领导和工作人员访问香港。
澳门特别行政区行政长官何厚铧17日向国务院发出贺电，代表澳门特区政府与全体市民，热烈祝贺神舟六号成功发射并胜利返回。贺电说，神舟六号使命之完成，将彪炳于中华民族的光辉史册。它不仅展示出我国雄厚的国力，优秀的精英，高超的科技，还体现出由我国航天员所象征的无私无惧、奋斗不息的中华人文精神。神舟六号又一次雄辩地证明，中国人完全有能力在自己的土地上，以和平的手段和目的，追寻无穷宇宙的真相，为中国载人航天后续任务奠定重要的技术基础，为人类的福祉做出卓越的贡献。何厚铧在贺电中代表澳门特区政府和全体澳门居民，恳请中央人民政府安排费俊龙、聂海胜以及参与该项航天计划的专家们于稍后访问澳门。
又讯中国国民党荣誉主席连战17日上午在大连参观时说，神六成功“很值得恭喜，很值得恭喜１
