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文津阁《四库全书》是国家图书馆镇馆之宝，在现今存世的三部半《四库全书》中，它是原架、原函、原书一体存放的惟一一部，共128架，6144函，36304册，另附《四库全书总目》20函，128册，排架图4册。
文津阁《四库全书》原藏于承德。上世纪初，京师图书馆(今国家图书馆前身)创建之初，清学部曾奏请将它及避暑山庄各殿陈设书籍一并发交“图书馆妥慎储藏”。辛亥革命 之后，在教育部任职的鲁迅先生积极促成《四库全书》调运。1913年，这批书从承德启运，1914年到京后暂存故宫古物陈列所，《鲁迅日记》中该年1月6日记有此事。1915年由京师图书馆正式接收。
《四库全书》先后共抄写过七部。过去认为，七部《四库全书》的内 容完全相同。上世纪80年代，台湾商务印书馆曾影印出版文渊阁《四库全书》，甚便使用。1991年底，在国家图书馆杨讷研究员主持下，研究人员将文渊阁《四库全书》影印本与文津阁《四库全书》原书进行了核对、录异，发现集部(收书1273种)中，二本存有差异者788种，占62%;史部(收书566种)中存有差异者290种，占51%。其差异详情可参见《文渊阁四库全书补遗》一书。
与《四库全书》相关的各类资料，如馆臣手札、《四库全书》底本、《四库全书总目》诸种抄本与刻本等等，于上世纪前半叶也渐次入藏国家图书馆，成为特色典藏之一。
以《四库全书总目》为例，国家图书馆所藏《总目》稿本一种，抄本二种，武英殿刻本五六部，各有特点。其中，对研究《总目》成书过程、撤毁删改情况具有重大意义者，当推《四库全书》纂修馆工作底稿本和文溯阁抄本。
文溯阁抄本，仅存一册，系卷一百四十一至一百四十二，子部小说类。正文首叶钤大红关防“文溯阁宝”，下方钤“抱残”、“董印增儒”及“北京图书馆藏”诸印。末叶钤“乾隆御览之宝”印记。正文首叶书眉处粘有黄色小纸条:“臣蔡新恭校。”蔡新，见诸《清史列传》，于乾隆三十八年(1773年)任四库馆正总裁。该册抄本最主要且最有意义之处是《默记》一书提要，尚未删改其中提及李清《南唐书合注》的文字。
国家图书馆还藏有一部《四库全书总目》，系《四库全书》纂修馆工作底稿本，已残，尚存48册63卷。其特别珍贵之处，在于字里行间可见馆臣多处修改、眉批、添加浮签等等，从中可以领会馆臣在文字修饰、抒发胸臆、更正疏误、严格体例诸方面的努力以及编修过程中文字禁毁之严酷。同时，将此稿本的种种修改与武英殿本及浙刻本之《四库全书总目》比较，可印证《总目》不断修改之过程，并有助于分析上述二刻本文字异同之缘由。馆臣修改手迹尚不敢遽定何人所为，不过陈援庵先生曾于1921年见过纪昀修改的《总目》底本六十册，其“四库提要中之周亮工”(《陈垣学术论文集》第二集，中华书局，1982年)一文中说:“民国十年秋，余得四库馆精缮提要底本六十册，不全，中有纪昀涂改笔迹，所改多与今本同，而凡遇周亮工名，必行涂去，审为乾隆五十二年以后删改之底稿。”国家图书馆现藏之底稿本，或可参考其说。
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