以色列人虽然离开了，但他们留下一系列棘手问题等待巴勒斯坦方面解决。首先，以色列撤离后留下了20多座犹太人教堂。在11日的以色列内阁会议上，以内阁决定保留位于加沙的20多座犹太人教堂，理由是“不能再增加犹太人的痛苦”，犹太人不能自己拆除自己的教堂。但分析人士认为，沙龙内阁有意将这一棘手问题留给巴勒斯坦人，是为了博取国内宗教力量的同情和支持。巴勒斯坦方面反对这样做，认为以色列政府应当负责将这些“象征占领的建筑物”拆除，并且称不能保证这些犹太教堂是否会遭到巴勒斯坦人的袭击和破坏。
留给巴勒斯坦人的另一个棘手问题是他们能否自由出入加沙。以色列副总理佩雷斯10日表示，以色列完成加沙地带军事撤离后，巴勒斯坦人可以自由进出加沙，但前提是巴自治政府能够有效控制这一地区的安全，防止武装组织发动袭击事件。但以色列上周关闭了加沙与外界最主要的通道拉法检查站，目前各方在这一问题上的谈判仍没有最终结果。
另外，以色列正在加沙北部的埃雷兹检查站以方一侧抓紧修建新的大型检查站，这座耗资3000万美元的检查站将采用最新的检测仪器，在不接触巴勒斯坦人身体的条件下对他们进行检查。还有，以色列虽然同意加沙新海港的建设，但加沙机场何时能够重新开放目前也还没有结果。巴方认为，这些问题不解决，加沙仍是巴勒斯坦人的一座“大监狱”。
