通航能力：跟不上海运发展
目前，巴拿马运河每日平均有37艘船使用，当中约25艘船缴付21万美元预约通航；大型轮船的预约费更高达43万美元。即使是早已预约的货船，也平均要等16个小时才能通过运河，没预约的更要平均等上26小时，令船主一天损失约5万美元。一旦遇上例行维修，延误时间更可能长达六七天。
巴拿马运河的33米阔水闸，“运河极限”只可供载运约4000个货柜的“巴拿马型轮船”通过，然而，全球容量达8000个货柜的货船占27％，预料至2011年更会增至37％，这些货柜船将因体积过大而无法使用巴拿马运河。
市场竞争：邻国建新运河抢客
巴拿马邻国尼加拉瓜也正筹建一条贯穿太平洋与大西洋的新运河，计划耗资180亿美元，这是巴拿马运河面临的一个劲敌。尼加拉瓜运河建成后的通航能力将是巴拿马运河扩建之后通航能力的两倍。
尼加拉瓜早在西班牙殖民时代，就已经对挖凿运河的可能性进行过考察。1884年美国曾与尼加拉瓜政府达成协议，计划开发一条联合共有的运河，但是到了1902年，到巴拿马开凿运河的呼声高过尼加拉瓜，因为当时加勒比海一座火山爆发，导致尼加拉瓜陷入一团混乱，导致美国国会表决时，转而支持在巴拿马挖凿运河。
