北洋医学堂创办以后，曾经几度改变学校的名称。由于学校和医院的一切费用从海防经费中拨给，该校的学校经费一度非常充足，该校毕业生在医务界多有建树。1912年改名为直隶公立医学专门学校。1914年时新建楼房及解剖室。医院门诊每日约400至500人次。挂号每次5分钱，药费低廉，无正式护士，一切注射、换药都由医生亲自动手。有男工友只做卫生和体力工作。住院费很低，家属陪伴，被褥饮食完全自理。据《天津政俗沿革记》记载，当时北洋西医学堂曾经拥有4万多两的经费，远远超过当时的北洋法政学堂，如果按照学校师生人均拥有的办学经费，该校的经费还要超过直隶高等工业学堂等名校。

　　1915年10月，北洋医学校收归海军部管辖，改为“海军军医学校”，仍以原校长管理校务，经费由海军部补给。校内设有预科及本科，修业年限，预科1年，本科4年。1925年奉系张作霖占领北京时，于夏初，派军医总监王宗承，偕同陈丽南来津，接受该校，当任校长张子庠负责办理交接事宜。1933年，天津市市长周龙光擅与驻津法国领事签订有损主权的协约，将该校地产让与法租界，许其拆除以改筑马路，学校被迫停办。12月29日，由国民党行政院召集内政、财政、教育、海军等部商讨关于复兴天津医学校计划，但终以经费无着而搁置。

　　北洋医学堂的名气从其毕业生的去向中可见一斑。据介绍，该校毕业生有任徐世昌大总统医官的屈老大夫，有在海军部医政处当校级医官唐大夫，有在南京卫生部当司长蔡鸿和在卫生部当科长的景绍薪，有留校任教又任医的教师，还有不少自己开业的地方名医，如中华医院创始人张忠信等。

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