上海东亚研究所所长章念慈先生是中国大陆研究两岸关系最权威的学者之一。对于56年来中国国民党主席的首次来访，章念慈密切关注，并给予盛赞。章念慈认为，连战此番的表现既符合两岸利益，也是国民党和连战本人在逆境中的一个飞跃，“很聪明”，“表现得很有智慧”。
连战访问的第一站选择南京，并通过拜谒中山陵表达了“和平奋斗”，“让中华民
族在21世纪扬眉吐气”的感言。对此，章念慈说：“连战以孙中山先生的教诲作为国民党的努力宗旨。这是国民党经过一个抉择之后，对孙中山先生路线的回归。孙中山先生是国共两党共同的‘政治父亲’，两个党派都认为自己是他的继承者。在很多问题上国共两党有分歧，但在继承孙中山先生未竟事业这一点上，大家找到了共同语言。连战从这个方面切入符合国民党的身份和地位。”
连战此行在南京和北京都得到了热烈的欢迎，社会舆论更是给予极高的评价。章念慈在赞扬的同时提出：“但这次会面并非国共第三次合作，准确地说应该是国共的第三次交流。因为现在的时空已经不同了，国民党已经从执政党变为在野党。在这样时空下，我们不说第三次合作更为妥当。”
从政党交流的角度去看，章念慈认为，连战的访问既有利于台湾的出路，也有利于国民党的政治前途：“国民党有一些可喜的变化，不再像以前一样和民进党去比‘谁更爱台湾人’，而是为台湾指出了一条光明大道。这条光明大道就是两岸和平，和平高于一切。这种做法和说法既为国民党找到一个未来发展的方向，也符合台湾民意。”
“而在大陆方面，中国共产党捐弃了过去国共之间的很多恩怨，以中国的前途和命运出发，促成了这次连宋的相继访问，为两岸关系开辟了新的空间。大家都有一种和平奋斗救中国，共建一个和平美好的中国的共识，这符合两岸利益。国民党在逆境中有了一个很好的飞跃，共产党也是坚持了新思维。”章念慈认为这是一个双赢的格局。谈及连战此行所面临的压力，章念慈赞扬连战“表现得很有智慧”，既避免了在台湾被攻击，又避免了在大陆没有共识。在连战面前是作为56年来“破冰第一人”的重大历史使命，而在他背后则是台湾岛内复杂的意见分歧和政党纷争。因此，章念慈说：“连战来时的处境十分尴尬———如果他找不到一个好的话题，那么此行就会大打折扣；但是如果他的话题在台湾还不能被理解的话，他也会背上其他包袱。所以他以中山先生的遗志为两岸共识的着力点，同时强调经贸融合，既减少了在台湾所受的压力，又和大陆找到了共同语言，是很聪明的做法。”
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