台湾初归，百废待兴，郑成功昼夜筹谋复兴大计，不幸积劳成疾，于收复台湾的当年病逝。他的儿子郑经继任延平郡王位，继续治理台湾，与大陆上的清王朝分庭抗礼。
康熙皇帝一心想统一台湾，为避免同室操戈，提出只要郑经接受招抚，台湾归属朝廷管辖，可给予是相当权位，对所属文武各官，也都量材录用。郑经不允，要求台湾按朝鲜例，作为清朝的属国来朝进贡。这实际上是台湾独立为国，使中国一分为二，理所当然遭到康
熙帝反对:“台湾本属中国版图，又都是中国人，岂可按外国例？”
谈判破裂，战事重开，郑经趁着大陆上“三藩之乱”，反攻福建。康熙帝下令反击，将郑军逐回台湾，并再作和平努力，作坚持原则下的重大让步，即台湾统一后，仍将台湾交于与郑经治理。郑经固执己见，坚持台湾独立。双方就这样谈谈打打，一直处于敌对状态。
康熙二十年(公元1681年)，郑经去世，他的儿子郑克塽继任王位。此时，康熙帝已彻底平定了“三藩之乱”，中央集权空前巩固，收复台湾、全国统一已成大势所趋，人心所向。据此，康熙决定以武力统一台湾，遴选精于海战的施琅为福建水师提督。康熙二十二年(公元1683年)6月14日，清军跨海东征。经过7天激战，先将澎湖攻克，全歼郑军精锐。郑克塽最终采取太傅刘国轩的建议，顺应时势，归顺清廷。于是派人向施琅请降。施琅立即奏请康熙皇帝定夺。康熙降旨施琅，接受郑氏请降，又重申了先前的承诺：如能诚心来归，可将前罪尽行赫免，如恩安插，务令所得。
8月11日清军东进至台湾鹿耳门，郑克塽率文武百官，在岸边迎接王师。与大陆为敌22年的台湾，终于和平统一，成为福建省的一个府。至光绪十一年(公元1885年)，清政府在台湾建省，始成直属中央政府管辖的最高地方政区。
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