现代化离不开创新，而创新则离不开制度保障。尽管人们时常抱怨中国的科研经费投入不足，但事实上，目前全国的研发投入总额已跃居世界第六位。中国也已经有科技人才3200万，具有研发能力的科技人才105万。但是，目前的自主创新状态似乎并不让人满意。原因恐怕在于，科技存在体制的障碍。而建设创新型国家，就需要深化科技体制改革，形成一种鼓励创新的机制。
事实上，自上世纪80年代以来，政府一直对计划经济时代形成的科技体制进行改革，从1999年开始，这一改革全面展开。近20年来，有1000多家开发类科研机构先后进入市场，产业化能力大幅度增强；社会公益科研机构分类改革基本到位，创新能力逐步提高；企业、高校和地方科技力量明显增强，在一定程度上改变了产业与科研相分离的局面。
但是，科技发展中的一些障碍尚未从根本上解决。这其中包括科技管理体制的行政化。从最上游的基础研究如973计划到863高技术发展计划，到下游的“星火计划”，政府通过对项目经费的分配，掌握着重要的科研与技术开发项目的方向。这种科技体制固然具有一定优势，但也存在不少问题，即科研活动在很大程度上由行政人员控制，科研人员的创造力受到抑制。
而大量市场开发项目，不在市场中的审批人员难以预料市场需求。于是，不少项目是为创新而创新，缺乏与市场衔接的渠道。这样的项目耗费大量宝贵资金，却难以产生较大的经济与社会效益。
因此，深化科技体制改革，必须重新定位行政部门在科学研究与技术开发中的职能。胡锦涛在全国科技大会的讲话中明确指出：“要建立竞争机制，坚持国家科技计划对全社会开放，支持和鼓励国内有条件的各类机构平等参与承担国家重大计划和项目，为全社会积极创新创造良好条件。”
由此，国家的基本职能就是搭建鼓励创新的机制和平台，在基础研究领域，通过建构良好的科研院所体制，保障科研人员的学术自由；在技术开发领域，保护知识产权，激励企业的技术创新。至于具体的科研与开发项目，则可以让大学、企业、自主的研发机构自行决定。为此，建议政府寻求更为灵活的公共科研经费分配机制，强化其专业色彩和社会色彩。
当然，有关政府部门可以针对国防等方面的需要组织重大技术攻关。不过，即便是这类技术创新活动，其主体也同样应该是企业。十一五规划建议已经明确提出：“建立以企业为主体、市场为导向、产学研相结合的技术创新体系，形成自主创新的基本体制架构。”这不仅是市场体制的需要，也被各国的实践证明是最有效率的。
最近十几年来，韩国科技创新在海外获得的专利数量居世界第十位，企业研究人员每千人注册的专利数量居世界第一位。而韩国在实用技术创新方面成功的秘诀就是，企业充当着技术创新的主力军。2004年，企业研发投入在全国研发总投入中所占的比例高达75%。正因为企业是创新的主体，所以，有统计说，韩国将新技术转化为生产力的周期是世界上最短的。因为，大多数开发项目本来就是瞄准市场需求而进行，其成果自然随时随地实现产业化、商品化。
对我国来说，要让企业成为技术创新的主体，同样需要政府部门转变观念。比如，在分配公共技术开发经费时，对国有企业与非公企业一视同仁。只要政府部门重新定位了自己的角色，致力于为科学研究和技术创新活动创造合适的制度框架，则自主的学术机构和市场化的企业，就会令中国更快成长为创新型国家。
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