国内成功的院长标准？
回想起杨杰的院长生涯，同事陆晴(化名)记得，杨杰的第一件事就要填他的团队的多位特聘教授的表格。“非常谦虚，每天总是在他的办公室里面忙到夜里12点，他不时跑出来问人，这件或那件事情怎么处理。”
“也由不得他不去问人”，虽然是院长，由于该学院在同济还是个小学院，几乎一切事情都要杨杰自己来处理，在同济领导看来，把杨杰招进来当院长，不仅仅是引进了一个杨杰，更是引进了全世界在细胞凋亡研究方面的一个团队，杨杰的想法是，整个团队都应该给他们特聘教授的职位。可是整个同济大学不过只有20多名特聘教授。所谓特聘教授，待遇一律按照长江学者的待遇，非常优厚，现在杨杰要求的是六七个特聘教授的名额，而且全部集中在他领导的两个实验室，一名教授回想此事，觉得简直不可思议。“虽然同济生命科学学院成长很快，但是比起别的老牌如建筑学院还是‘弱小’的，哪里就能要到这么多名额？”没想到学校的领导给尚在蜜月期的杨杰开了绿灯。协助杨处理各种表格的一位老师说:“别的学院对此事不满，研究生院也不满，觉得为什么一下子给他们学院这么大的优惠？”果然，这些表格两次被研究生院退回重新填写，要求补充更多的材料和证明文件，后来是分管该工作的副校长直接出面，把这些表格拿到研究生院，“办事的人不得已才办了”。
而同济大学在对杨杰的免职中，提到团队建设等与当初设想有差距，也是指杨杰的这些特聘教授们。生科院一位教授认为，这些特聘教授除了参加过一次同济举办国际性学术会议，其他时间都没有回国，他们每个人按要求都要带几名博士，可是很难指导学生进行研究。“本来同济希望用到这个团队的研究成果，学校这几年的口号是——不为我有，但为我用，但是这批人不仅学校没法用，杨杰自己也调动不了。一年多都没见到人影，只在实验室门口挂着教授名字。”按照他的理解，这批教授虽然是杨的师兄弟，但是在美国都和杨是同等职位，“他未见得指挥得动”。虽然这批教授在美国都有大量成果出来，但是这些成果和同济没什么关系，“没有谁在发表文章时写上同济的名字”。
不过接触这批教授的学生们难以接受这样的说法，“我们的试剂都非常贵，有的80美元只有10毫克，而且国内没有，都是这些教授从国外直接递回来的”。更多的教授都是直接在网络上和学生联系，“我们通过他们接受到最前沿的信息”。杨杰自己也觉得，这是目前国内最先进的合作模式，不能因为国内没有，就指责其有问题。
杨杰非常注重节省资金，他解释说:“主要是生命科学的研究耗资太巨大了，不能指望一两年就出成果。”但是比起学校希望他表现出更强大的人脉关系、申请经费的能力，杨杰的节约似乎显得太过微不足道。
如果团队问题是慢慢显露出来的，那么迅速暴露的就是杨的行政处理方式与国内院长的差别，一位前任院级领导评价说，“他离开国内有16年了，简直就像是个外国人，表达不清晰，又不听取别人的意见”。同济大学是以行政能力不强为理由撤销杨杰的院长职位的，但是，复杂的行政体系不是杨杰能在短暂时间内弄明白的。
每周一次的学院办公会议是院长处理各种事物的最好时机，一次杨杰把他精心做的PPT报告拿出来给大家演示，表示学院存在的几方面的问题迫切需要解决，包括人事编制不足、资金不够等等。一位做过学院领导的老师说:“我们都知道，这样的报告如果送到学校处室，一定会被退回来。因为涉及方面太多了，没有一个具体部门能够接受。”可是在会上大家劝说杨时，他觉得这些存在的问题必须要一揽子解决，而这份文件他做了“两天两夜”。果然，这份报告从各个部门间转来转去，没有一个处长肯在上面签字表示意见，“他简直就是不会打报告”。
当上院领导后，他发现学校要其放弃学术研究确实有必要，“连女职工春游的事情都要来找你。更麻烦的是面对学校层面的各个处”。院长的角色是要在学科建设之外，当好行政长官。“我的学术高潮就那么结束了。”在处世方法上，“因为我们是小学院，必须要夹起尾巴做人，校长也说过，不赚钱的学院要它干什么？但是这些微妙之处，杨杰可能永远都难以理解”。-
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