中科院与深圳市之间的合作关系早就展开，迄今已有20多年历程。
上世纪80年代初期，伴随着深圳“三来一补”的企业发展，零星的高新技术企业在深圳创建，深圳高新技术产业开始起步。1984年9月，深圳市致函中科院，希望中科院派专家帮助深圳市建一个科技工业园。1985年7月，深圳科技工业园成立，这是中国第一个高科技工业开发区。深圳与中科院“院市合作”从此开启，也标示着深圳高科技产业开始发端。
此后，双方围绕高新技术产业的发展和科技成果转化，不断增加合作。1999年，中国科学院积极参与创办了中国国际高新技术成果交易会，成为高交会的“三部一院一市”发起和主办部门之一。中国科学院还积极组织代表团，携大批高新科技开发成果和产品参加了历届高交会的展出和交流，取得了丰硕的成果。
2001年2月，中国科学院与深圳市政府签约合作创建深圳中国科学院院士活动基地。这年10月，在第二届高交会期间，双方又签署了《新一轮合作协议》，并将双方的合作提高到一个新的高度和层次。《新一轮合作协议》提出，深圳市与中科院，将开展“新一轮高层次、全方位的合作”。协议中特别对“新一轮院市合作的指导原则”等10项重要的合作领域和内容，进行了全新的规定；并提出，双方今后将以发展高科技、实现产业化为目标，积极探索深圳地区和中科院发展高新技术及产业的合作模式，继续合作办好高交会、进行科技项目合作等。
中科院和深圳科技界人士认为，正是双方多年来的大量合作，充分实现了“互补优势”，为中科院与深圳市在新世纪携手前行，更上一层楼并掀起新一轮高潮，营造了良好的合作基础和氛围。
