神舟号飞船飞行程序主要分为四个阶段，即发射阶段、轨道运行段、返回段及轨道舱留轨运行段。
发射阶段:当运载火箭离开发射台后，飞船上的相关逃逸和救生系统进入待命值班状态，8种预定救生模式随着飞行时间或飞行状态等的变化进行切换，确保发生故障时立即进入相应的应急救生程序。同时，推进舱推进子系统在起飞后130秒开始实施使用准备工作，随后
进入泄漏故障的自动检测与处理程序，为入轨后的飞船姿态控制做好准备。
轨道运行段:飞船入轨后，通过控制制导与导航分系统建立飞船轨道运行飞行姿态。随后，太阳能电池阵展开。
在飞船入轨阶段，地面测控网对飞船进行跟踪和测轨。正常飞行情况下，飞船在第5圈飞行到远望2号测控区时飞船进行变轨。为了保证航天员的安全，从在轨道运行段的第3圈开始就由地面向飞船注入“自主应急返回控制参数”，一旦发生紧急故障，航天员可以通过键盘操作中止飞行程序，并实施自主应急返回程序。
当飞船决定返回时，在飞船制动点火前约150秒左右，由船上程控和地面遥控发飞船第一次返回调姿指令，随后，再发轨道舱与返回－推进舱解锁分离指令。
返回段:在接收到轨道舱与返回舱分离信号后，程控和遥控发第二次返回调姿指令。
当飞船制动结束后，进入惯性滑行飞行，当飞行高度降至145千米时，返回舱与推进舱分离，随后，返回舱进入再入姿态调整，进入大气层后升力控制开始，在20千米的高度时，升力控制结束。当返回舱降落至10千米高度时，回收着陆系统开始工作，弹掉主伞舱盖、拉出引导伞、减速伞，然后拉出主伞，返回舱乘主伞下降，在距地面约1米时，点燃反推火箭发动机，返回舱以不大于每秒3.5米的速度实现软着陆。
轨道舱留轨运行段:轨道舱与返回推进舱分离后，经过消除分离姿态偏差、引入红外信息、建立运行姿态、控制太阳电池阵跟踪等程序后进入正常留轨飞行状态。地面测控网对轨道舱进行跟踪。在轨道舱过测控区时，一般都要安排数据注入，同时下行工程遥测数据。责任编辑：陈要逢
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