神舟六号飞船在发射上升段、飞船运行段、返回段均有可能因出现紧急情况而应急返回。
着陆场系统在飞船运行期间一直在精心准备，确保任何应急情况下都能及时发现、有效搜救飞船返回舱和航天员。
飞船的应急返回包括上升段的应急返回、运行段的应急返回、正常返回时的应急返回。针对这３种情况，着陆场系统通过划定应急救生区、配备搜救人员和装备、依托国际救援力量等方法，做好了任何情况飞船应急返回的搜救准备。
针对飞船上升段出现应急情况的特点，着陆场系统在陆上划定了４个应急救生区，在海上划定了３个应急溅落区。每个陆上搜救区均配备搜索救援直升机、搜索救护直升机、搜索直升机和特种车辆。每个海上救生区均配备了两艘打捞船，并配备了直升机和自动化打捞网。
当飞船在正常运行过程中出现异常，将采取自主应急方式返回地面时。着陆场系统在国内设立了３个应急着陆区，依靠空运机动搜救大队进行返回舱搜索和航天员救援。
当飞船正常返回到主、副着陆场时，也有可能出现应急返回的情况。着陆场系统在主着陆场附近也配备了应急救援力量，在飞船返回时一架伞兵搜索飞机和一个伞兵搜索小组在距离理论着陆点８０公里外的空域待命，当飞船在返回过程中出现故障时，紧急展开空降救援。
专家表示，“尽管用上应急救援的可能性很小，但我们必须时刻准备着，以确保航天员安全返回。”
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