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2009年7月26日，马英九当选国民党主席。“马上吴下”之间，政治运作波谲云诡。兼任党魁，究为以党辅政，抑或一人独大？非议既蹑其后，姑且道“清者自清，浊者自浊”；挑战更在眼前：如何提振台湾经济、如何摆平国民党内众多派系等等，不一而足，而翘首以待的“胡马会”能否上演，更是挑动两岸民众的神经。
早在陈云林访台引起称呼上的尴尬之后，马英九就知道自己有兼任国民党主席的必要。但由于马英九之前曾承诺“绝不担任党主席”，因此为维护形象，难以明言，只好“把风声放遍”。先有吴伯雄可能出掌海基会的风声，后有吴伯雄转任荣誉主席的风声，马英九是在等吴伯雄告老还乡，这样就可以顺理成章的接党主席的位置。[详细]
两年多前，马英九陷入特别费风波而被起诉，吴伯雄无奈临危受命，接任国民党党主席。
他很清楚，国民党已是危机重重：马英九面临牢狱之灾的可能；另一大佬王金平因党主席选举失利仍心存芥蒂...如果打不赢2008年的两大选战，国民党——亚洲的第一个民主政党就将面临泡沫化的危险，甚至会面临党内再度分裂的局面。党主席的位置已经是一个“烫手的山芋”。
吴伯雄接任国民党主席后，在一年多时间里，国民党实现了空前大团结，并接连赢下“立委”和“总统”选举。
2008年5月28日，吴伯雄赴大陆进行国共论坛的协商，与胡锦涛确认立即恢复海基、海协两会的协商，促成两岸和解的一大步。
马英九指出，他决定竞选党主席，是为达成党与政紧密合作，从而使施政运作更有效率；因为国民党现在既已完全执政，就要完全负责，要比在野时更强化运作效率。但马英九也强调，未来党政结合虽然会更紧密，但会“以党辅政，而非以党领政”，一切依循“以台湾为主，对人民有利”的原则。[详细]
国民党大老转述，日前有两位分别帮过马竞选北市长及总统的党内大老互亏，责怪对方是成就马一人独大的“帮凶”，言谈间也透露对当年义无反顾挺马的作为有些懊悔。因为慢慢体悟到，马英九嘴上说自己不会集权，事实上做的却是将党政大权集于一身；而且不管帮了马多少忙，只要成为他迈向唯我独尊之路的障碍，就一定会被扫除掉，没有人可以例外。[详细]
一位吴伯雄的支持者说，“马英九如果身兼多职，一人好像独裁，我觉得这样好像在开民主倒车。”另一位吴伯雄的支持者指出，“是看不惯现在马英九的执政，(用人)用了就丢，如果这样子成为风气的话，这个社会没有公平正义。”[详细]
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马英九与胡锦涛两人的会面时机，可能在2012年的春天到秋天之间。模式是：马英九以国民党党主席身分、胡锦涛以共产党总书记身分，两人进行党对党的对话。
专家称，马英九当选党主席，无疑将为胡马会创造机会。胡锦涛和马英九大概也有希望获得诺贝尔和平奖。不过，胡、马两人都有各自的障碍，胡坚守“一个中国”原则，要切断台湾与美国间的安全关系；马则要避免让人误解他“卖台”，免得影响他在2012年三月竞选连任。而胡的总书记任期将在2012年秋天届满，所以两人最可能的高峰会时机是2012年三月到秋天之间。[详细]
外界关注马英九兼任中国国民党主席后，是否会与中共中央总书记胡锦涛会面，马英九表示，他现在没有任何计划要碰面，但希望基础工程做好后再考虑，较符合双方利益。[详细]
