在深圳代表提交的《关于加强珠江三角洲区域经济合作的议案》中，代表们通过珠三角与长三角的对比，总结了珠三角5个方面的不足。

　　产业体系不够完善产业体系不完善，工业门类不全，轻工业发达、重工业薄弱。议案认为，珠三角地区电子、医药、建材等行业产值均居全国之首。但由于历史原因，目前中国的石化行业、汽车制造业、钢铁工业基本沿长江流域和环渤海地区建设，国外大型跨国公司

对中国重工业投资方面的项目，基本也集中在上海、南京、天津、青岛等地。目前，珠三角地区钢材、原煤、汽车产量占全国比重不到3%。

　　经济辐射能力较弱腹地较小影响经济辐射能力，经济辐射能力较弱。由于地理位置和交通上的优势，上海从我国近代以来就对全国形成扇面辐射，在长江流域溯江而上，辐射到包括中上游的整个流域地区。沪宁高速公路的开通、京沪铁路的提速，也进一步加强了上海对全国的辐射力；从区域经济一体化的进程看，上海主动推动与江苏、浙江直到安徽的协调合作，形成区域整合优势。相对而言，珠三角地区到目前为止主要还是自成体系，对周边辐射不够。而当前，跨国公司投资中国，首先会考虑对中国市场的辐射能力。

　　营商成本逐渐提高珠三角地区营商成本逐渐提高，对外资的吸引力有减弱趋势。随着经济的迅速发展，珠三角地区的工业用水、电、土地价格和劳动力成本都在迅速提高，相对长三角地区、环渤海地区已不占优势。

　　人才资源不够雄厚长江三角洲集中了全国众多的科技与教育力量，特别是上海、南京、杭州汇集了众多的高等院校和科研院所，1999年，上海、江苏、浙江三省市每百万人拥有1·13个高校和5·39个研究机构，而广东每百万人只拥有0·69个高校和4个研究机构。

　　各自为政协调不力区域内的整合与协调力度机制不完善，存在各自为政的现象。近年来，长江三角洲地区正在逐步走向经济一体化，上海龙头地位明确，其他地区围绕上海进行资源的整合和调配。在政府层面，上海、江苏、浙江已经有了常务副省长(常务副市长)之间一年一度的定期交流。与长三角相比，珠三角地区基本上处于各自为政甚至是无序竞争的状况。