唐继尧辞不就任 晾起“空头政府”
三天之后，我们就要出兵四川，袁世凯一些最精锐的部队驻扎在那里。……蔡锷对我们说，要立刻出兵贵州，扫荡袁世凯在那里的部队，然后转道广西，直奔滨海的广东。第一军和其他附属部队要出兵四川，增援部队只要训练完成也应跟着上前线。”
蔡锷说完，朱德问他：“可是你不能带队去啊！你有病，要送命的。”蔡锷望望他，又把眼光移到别处，说，“别无办法，反正我的日子也不多了，我要把全部生命献给民国。”
蔡锷的护国军出师，对袁世凯震动很大，及至1915年12月25日云南宣布独立，在当天召开的国务会议上，袁世凯竟然语无伦次地抱怨说：“云南自称政府，照会英法领事，脱离中央。此事(帝制)余本不主张，尔等逼余为之。”众默然，可见袁世凯的惊慌程度。
饿着肚子打硬仗
护国第一军在川艰苦奋战半年之久，中间几月战事尤其激烈，处境艰难，但唐继尧在军饷、军需和兵员上都没有给前线任何补充。蔡锷说“自滇出发以后，仅领滇饷两月。半年来，关于给养上后方毫无补充，以致衣不蔽体，食无宿粮，每月伙食杂用，皆临时东凑西挪，拮据度日”。
由于军需不足，蔡锷多次致电唐继尧催促，却毫无反响，直到袁世凯去世，滇军的“增援”才陆续赶到。这恰恰是唐继尧趁护国运动事实上结束之时，利用护国的名声和威望，为自己的扩张捞取政治资本。他把护国三军扩大为八军之多，此事引起了蔡锷的忧虑，他讽刺说：“古者天子六军，今能驾而上之，蓂公之魄力伟矣。”
此时蔡锷已经渐渐对唐有所认识，去电告诫他说：“所最宜注意者，我辈主张，应始终抱定为国家不为私利之初心。” “关于个人之权利加减问题，最易为梗。今侪辈中果有三数人身先引退，飘然远翥，实是对于今日号称伟人志士英雄豪杰一流，直接下一针砭，为后来留一榜样，未似非福。”
功成身退，不参与权力斗争，这是蔡锷最为看重的品质，所以他才会在出征前就为自己定下“成功就下野”的誓言。但此时的唐继尧，胃口渐大，已经很难被劝服了。
锷以短命，应为薄葬
护国战争胜利之后，蔡锷的病情已急剧恶化，几次向北京政府请假就医，都未能获准，反而临危受命为四川督军。当时蔡锷在全国威望极高，被视为“军神”，一到成都，“万人空巷，都想一望风采”。但朱德对此时松坡将军的回忆是，“蔡锷看上去像个幽灵，虚弱得连两三步都走不动，声音微弱……”
蔡锷在日本福冈养病的最后日子里，黄兴病逝的死讯对他刺激很大。蔡锷与黄兴于公于私，都有特殊感情，在病榻上，他哭挽黄兴一联：
以勇健开国，而宁静持身，贯彻执行，是能创作一生者
曾送我海上，勿哭君天涯，惊起挥泪，难为卧病九州人
这是蔡锷的绝笔，既是写黄兴，也仿佛他自己一生的写照。8天以后，积劳病重，他也在福冈医院去世了，才34岁。
蔡锷临终前，由护士勉强扶起来，凭窗了望日本飞机演习，又一次受到刺激，他对身边的蒋百里说：“我早晚就要和你分手了。我们建设国防尚未着手，而现代战争已由平面而转立体，我国又不知道落后了多少年。”“我不死于对外作战，不死于疆场马革裹尸，而死于病室，不能为国家做更大贡献，自觉死有余憾。”随即口授随员遗嘱，精神尚一丝不乱，遗嘱句句关乎国家大计，无一语及家事。
他最后的请求是：“锷以短命，未能尽力民国，应为薄葬。”
蔡锷为官极清廉，“从不滥使一钱”，也从不接受贿赂，在担任云南都督期间，两次带头减薪，月俸由600两(元)减到60元，只相当于一个营长的月薪，创下了当时全国省级领导月薪的最低纪录。其弟从湖南入滇，向他谋职，他认为不妥，给了弟弟20元旅费，令其徒步还乡。在四川战斗期间，连续“五月无饷，而将士不受饷一钱，蜀人爱戴之如骨肉也”。就连拖赖不给护国军发饷的唐继尧也承认，蔡锷“身后萧条，不名一钱，老幼茕茕，言之心痛”。
辞不就任，晾起“空头政府”
袁世凯一命呜呼、护国战争结束以后，中国出现了帝国主义支持下各派军阀割据和混战的局面。蔡锷一死，唐继尧意在扩张，原来团结在护国军旗帜下的滇、川、黔三省军队马上打成一团，互相残杀。西南从此陷入军阀混战的局面之中。孙中山失望之余长叹，“五年来，建国之事，付托不得其人，几将民国根本推翻。”
护法运动刚一开始，唐继尧就发出通电，不承认段祺瑞内阁的合法地位，这是西南各省军阀公开反对段祺瑞内阁的第一炮，这一炮马上讨得了孙中山的信任。1917年9月，以孙中山为首的广州护法军政府成立，孙中山任大元帅，委任陆荣廷、唐继尧为元帅。因为广州护法军政府手头并无多少兵力，需要仰仗手头握有兵权的地方实力派的支持。广州非常国会给唐继尧送来了元帅证书，但唐、陆二人皆不肯就任元帅职，使孙中山处于十分尴尬的境地。
孙中山竭力拉拢唐继尧，但唐的目的是要自立为王，并不表示合作。当时的西南军阀普遍持此态度。在经济上，当时两广地盘是由桂系军阀把持的，对广州军政府实行财政封锁，军政府所持“仅华侨捐款”。莫荣新的一句话代表了当时西南军阀们的普遍心理：“孙某之政府，空头之政府也，彼无兵无饷，吾辈但取不理之态度，彼至不能支持时，自然解散而去。”
1919年，孙中山把中华革命党改为中国国民党，国民党人龚师曾劝说唐继尧入党，而唐继尧，这位早年追随孙中山的老同盟会员竟闻言拍案：“我就是穷得讨饭，也不会加入国民党！”
突然又接受了任命
护法运动使孙中山看清了南方军阀与北方军阀“如一丘之貉”。1925年3月12日，孙中山在北京病逝，消息传到昆明，早先拒绝副元帅职务的唐继尧却在3月19日发出通电，声明已于3月18日在滇就副元帅职。唐继尧是想以副元帅递补大元帅的缺位。正如《向导》周报指出，“唐继尧忽然就副元帅职，声言加入国民党等等”，是企图攫取国民党领导权的一种尝试。正如一位英国领事所说，唐相信自己是“计划中未来的中国总统”。此时的唐，不但出行是皇帝规格，连写信写诗，落款都以“东大陆主人”自居。
广州政府谴责唐继尧的行径，并通电宣布讨伐，唐却并不甘心，试图颠覆广州政府，直到他的滇桂联军被广州政府的军队击败。
唐继尧统治云南期间，连年战争，不断扩大军队和军费，给当地百姓带来了深重的灾难。而唐本人则过着土皇帝般的生活，“荒淫无道，任意掠取部民子女为妾婢，车马舆服之奉，拟于王者。其护卫军命名为佽飞军，坐褥铺垫皆用黄缎绣龙……开奢侈之风，肆享受之欲”。据唐继尧的妹妹唐芸赓说，唐正式迎娶的妻妾就有8人之多。
他也要建立一个“主义”
1925年滇桂战争中滇军失败以后，唐继尧为安抚作战多年的的将领，分别任命龙云、胡若愚、张汝骥、李选廷为四大镇守使，但出乎他的意料之外，四镇守使似乎都不再愿意为唐卖命。唐失望之余，决定仿照“过激派”的做法搞个“主义”，建立自己的政治理论，组织政党。当时的中国出路何在，各式理论、主义很多，唐继尧看中了“国家主义派”，不惜重金从上海聘国家主义分子来昆明，又组织人编写相关书籍、开办民治学院，并在1926年年底宣布民治党成立。国家主义派又称“醒狮派”，对外信奉帝国主义，反对苏联；对内反对孙中山，反对共产党，是大地主大资产阶级的政治代表。
当时随着北伐的顺利推进，云南民间对唐的反对呼声很高，在云南的共产党人甚至分工，每人每天给四镇守使写信，宣传唐继尧祸滇罪行，争取他们支持孙中山的革命路线。四镇守使见唐继尧大势已去，为“适应环境起见，遂起而联合请求唐省长改组省政”。1927年2月，四人一致行动“兵谏”，推翻唐继尧军阀统治的“二六政变”很快爆发。唐被迫交出政权，他的4个旧手下倒也顾及他的体面，给他一个有名无实的省务委员会总裁，唐继尧“光荣”下台。