在此次驻日美军调整中，日本也获得了极大的收益。
首先，日本在美日同盟中的地位得到了进一步的提升。《美日同盟：为未来进行转型和调整》将双方的安全合作定义在两个领域：一、保卫日本安全并对日本周边事态作出反应；二、共同采取行动，维护国际安全环境。这对于美日同盟而言，实际上已经突破了仅仅维护日本安全的局限，使日本在美国全球战略中发挥更大作用的愿望在法律层面上得到确认
。文件有关“任务”的界定，更凸显了这一点，比如要求日本应当与美国强化在反恐、防扩散、人道主义救援、维和行动、重建行动等方面的合作。
其次，日本自卫队将加速与驻日美军的一体化建设。在驻日美军的此番调整中，日本获得了大量与美军共用军事基地的机会，这将更方便日本自卫队与美军展开协同训练。同时，美国方面还准备增加日本自卫队在美国本土、夏威夷、关岛和阿拉斯加训练的机会。为提升与日本自卫队的合作水平，美军还准备研发适用于双方的保密通讯系统，以更加方便地展开情报合作与情报分享。尤其是在导弹防御系统方面，美国除承诺在日本部署“爱国者”—３型和“标准”—３型导弹外，还准备将其Ｘ波段雷达所发现的预警情报提供给日方。日方也倾向于将其“未来警戒管制雷达”（ＦＰＳ—ＸＸ雷达）的预警信息与美方共享。
再次，日本获得了美国在岛屿争端和周边安全利益上对日本的间接支持。日本认为，其周边安全环境并不稳定，存在诸如台海问题、朝鲜半岛局势等对日本构成安全挑战的热点和焦点问题，而近期日渐升温的中日钓鱼岛争端、东海资源之争、韩日独岛争议以及俄日北方四岛问题，也威胁到日本的国家利益。这些问题单独依靠日本的力量难以应对，必须依靠美国军事力量作为背后的支撑。在１０月２９日公布的磋商文件中，美国承认日本保卫自己的行动，包括应对弹道导弹攻击、游击队或特种部队攻击和对日本远方岛屿的入侵等。在这些情况下，美国将向日本提供必要的军事支援。
此外，驻日美军将部分撤出冲绳境内的军事基地，这将减缓日本政府所承受的来自地方行政部门的压力。
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