主导“日中２１世纪基金”的机构是“日本国际交流基金会”。据“日本国际交流基金会北京事务所”的官方网页介绍，该机构前身是１９７２年设立的由外务省管辖的特殊法人。其重要使命之一是推进日本的国际文化交流事业。２００３年１０月２日，它变更为独立行政法人——“日本国际交流基金会”，有工作人员２３３名。
据介绍，这个基金会的目的是：“通过综合并有效的开展国际文化交流事业，加深
各国对日本的了解，增进国际间相互理解，在文化和其他领域对世界作出贡献……”
日本国际交流基金会的具体工作包括以下几个方面：促进文化艺术交流；援助海外的日语教育和学习；促进海外的日本研究和知识交流；提供信息援助国际交流。其北京事务所２００５年具体的工作包括以下几个方面：一是文化艺术交流，比如协助北京的一家影视文化发展有限公司制作电影、电视节目；协助中国的一家出版社翻译《鲁迅与仙台》等。二是推广日语教育，比如为中国多家大学提供日语教材，受赠对象包括山东科技大学外国语学院、江西财经大学外国语学院、西安交通大学日语系、河南大学外国语学院、贵州师范大学外国语学院、武汉外国语学校、洛阳外国语学校、清华大学，等等。
有分析认为，“日本国际交流基金会北京事务所”将有可能担负“日中２１世纪基金”在华工作。不过，日本国际交流基金会北京事务所还没有接到有关该项目的具体方案。
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