2003年4月5日，北医三院急诊科收治第一例临床确诊非典病人。在原本是伴着和风暖阳的春天里，不期而遇的SARS病毒让视线变得有些模糊。然而，北京市政协委员，北医三院院长陈仲强心里越来越清楚：除去就诊、住院的病人，光北医三院的职工就近2，000人，同病毒的作战，关系到生命的安危，同时身为院长的他知道这是一场硬战，还可能是一场持久战。
当天下午，陈仲强立即召开医院领导办公会，决定成立非典防治工作领导小组、工作组和专家组；腾出肝炎门诊作为临床确诊非典病人的隔离病房，并将东侧轻体楼的成形科美容门诊病房，作为非典一线医护人员医学隔离观察休息室，在急诊科东侧开设发热门诊。他还特别强调，“我们这帮人，万一谁染上了SARS，也要按照传染病的隔离要求，听从专家组的指挥，该隔离在哪里，就隔离在哪里，决不能搞特殊化。只有这样，才能让职工心服口服，最大限度地保护好我们的职工，这作为一条纪律定下来。”
危机时刻，领导的一言一行都会影响群众的士气；危机时刻，更不能优柔寡断。陈院长坚持无论是大会还是工作协调会，都认真听取与会者的意见和建议，始终站在第一线，给群众鼓劲。对可行的意见，马上拍板，定出方案，并监督落实；对不合理的要求，决不妥协。
“大敌”当前，行动上的迅速是必要的，难能可贵的是要指挥者留心作战人员心理的跟进。动员会上，陈仲强坚定地说，只要是我院的工作人员，无论是谁，在非典防治过程中，不幸染病，医院一定会用最好的技术力量、最好的药品医治；无论花多少钱，医院都会尽全力。这一番话，让职工放下思想包袱，全身心地投入“战斗”。
由于北医三院的非典隔离病房是临时改建的，条件较差，医务人员工作强度又大，一线工作人员一度产生情绪波动。了解情况后，陈仲强和副院长敖英芳一起，深入到隔离病房的每一个房间查看工作条件，亲身感受穿上多层防护服带来的不适。从隔离病房考察之后，医院立即决定，进一步压缩门诊用房，尽量按照传染病隔离病房的要求进行改造。院领导亲自上一线，极大地鼓舞了一线工作人员。医院全体医护人员，包括他们的家人尽管承受着巨大的压力，但是，没有人退缩。
作为指挥者的陈仲强审时度势，对形式进行充分估计并较早地进行了准备，投入500多人力，上千万资金。北医三院承接的SARS临床确诊病人的治疗、疑似病人的诊断、观察和治疗，占海淀区公布的SARS确诊、疑似病例总数的近1/4，确诊病例占北京市公布的总例数的1/10。同时，还保证了本院医院人员的安全和健康，医务人员感染率仅为9.6%。
为支持北京市的工作，北医三院还派出近60人的医护骨干，组成医疗队进入冶金医院，承担并指导冶金医院SARS病人的治疗工作。
