建立新型农村合作医疗制度，是推进农村卫生事业发展，逐步建立农村社会保障体系，最大限度地解决“因病致贫、因病返贫”的重要举措。
2004年，北京市在全市范围推广新型农村合作医疗，一年来运行平稳。参加合作医疗的农民真正得到了实惠，农民的就医状况有所改善，农民医疗费用负担有所减轻，对改善农民的生产和生活状况起到了积极的作用。但新型合作医疗在实施过程中，还存在一定的问题。根
据延庆县的实施情况，以及2004年12月，北京市卫生局委托首都医科大学对全市各区县的调研，现行的新型合作医疗制度存在如下问题：
一、受益面小，资金总量有限影响农民参加的积极性。新型村合作医疗虽然给参合农民报销了部分费用，但是由于整体资金有限，实行以收定支、收支平衡的原则，所以只能主济住院和大病，造成我县参合农民的报付率仅占三分之一左右。过低的报销比例对较富裕的农民缺吸引力，而对低收入的农民则更不具吸引力，许多农民仍旧是“小病不愿看，大病看不起”。这种状况直接影响到农民进一步参加合作医疗的积极性，使相当一部分农民群众对新型农村合作医疗持观望态度。
二、报销额度低，抵御大病能力差。农村新型合作医疗是政府出资、农民自筹的共济互助制度，比如延庆县最低筹资水平为人均70元。因此，农民住院报销额度在30％左右，最高封顶线在3万元左右，不足以解决农民因大病造成的“因病致贫、因病返贫”问题。
综上所述，造成新型农村合作医疗目前状况的主要原因是政府扶持资金不足，农民自筹资金能力又十分有限。因此建议：
北京市政府加大对新型农村合作医疗的扶持力度，把目前对平原区、山区的扶持资金从人均10－20元提高到人均40－60元，区县、乡镇级政府把目前的扶持资金额度翻一翻，新型农村合作医疗资金就可实现翻倍增长，总体报付水平达到60％，基本上解决了300万农民的就医问题，再建立起贫困农民的医疗救助制度，山区农民的就医问题将彻底得到解决。
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